pyviblib.util.pse
index
/usr/lib/python2.4/site-packages/pyviblib/util/pse.py

Module for handling chemical elements.
 
The following classes are exported :
    Material                          -- apearance of a chemical element
    Element                           -- describing chemical elements
 
The following functions are exported :
    find_element_by_symbol()          -- find an element by its symbol
    find_element_by_atomno()          -- find an element by its atomic number
    find_element_by_isotope()         -- find an element by its isotope mass
    find_element_by_standard_weight() -- find an element by its standard weight
    find_isotopes()                   -- find the isotopes of an element

 
Modules
       
os

 
Classes
       
__builtin__.object
Element
Material

 
class Element(__builtin__.object)
    Describing chemical elements.
 
The following properties are exposed :
    atomno          -- atomic number
    symbol          -- symbol
    standard_weight -- standard weight in a.m.u.
    r_coval         -- covalent radius in angstrom
    r_vdw           -- van der Waals radius in angstrom
    material        -- material, see Material
    isotopes        -- tuple with the known isotopes
    mass            -- mass in a.m.u. (*)
    isotopno        -- number of the isotope (*)
 
Properties marked with an asterisk are also writable.
 
  Methods defined here:
__eq__(self, elem)
Comparing two elements.
__init__(self, atomno, symbol, standard_weight, r_coval, r_vdw, material=Material(diffuse_color=(1.0, 1.0, 1.0), specular...r=(1.0, 1.0, 1.0), ambient_color=(0.0, 0.0, 0.0)))
Constructor of the class.
 
Positional arguments :
atomno          -- atomic number
symbol          -- symbol
standard_weight -- standard weight in a.m.u.
r_coval         -- covalent radius in angstrom
r_vdw           -- van der Waals radius in angstrom    
 
Keyword arguments :
material        -- material (default Material())

Properties defined here:
atomno
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
isotopes
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
isotopno
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
set = <pyviblib.util.misc.Command instance>
mass
get = _get_mass(obj)
Getter function for the mass property.
 
By default it is the mass of its most stable isotope.
set = <pyviblib.util.misc.Command instance>
material
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
r_coval
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
r_vdw
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
standard_weight
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
symbol
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>

Data and other attributes defined here:
__dict__ = <dictproxy object>
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__ = <attribute '__weakref__' of 'Element' objects>
list of weak references to the object (if defined)

 
class Material(__builtin__.object)
    Class for describing appearance of a chemical element.
 
The following readable and writable properties are exposed :
    diffuse_color  -- diffuse color, i.e. color when illuminated
    specular_color -- specular color (highlights)
    ambient_color  -- ambient color, i.e. color reflected off the surface
 
  Methods defined here:
__eq__(self, material)
Compare two materials.
__init__(self, diffuse_color=(1.0, 1.0, 1.0), specular_color=(1.0, 1.0, 1.0), ambient_color=(0.0, 0.0, 0.0))
Constructor of the class.
 
Each color is given as a tuple with the RGB values ranged from 0. to 1.
 
Keyword arguments :
diffuse_color  -- diffuse color  (default (1., 1., 1.), i.e. white)
specular_color -- specular color (default (1., 1., 1.), i.e. white)
ambient_color  -- ambient color (default (0., 0., 0.), i.e. black)
__repr__(self)
Can be used to recreate an object with the same value.

Properties defined here:
ambient_color
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
set = <pyviblib.util.misc.Command instance>
diffuse_color
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
set = <pyviblib.util.misc.Command instance>
specular_color
get = <pyviblib.util.misc.Command instance>
set = <pyviblib.util.misc.Command instance>

Data and other attributes defined here:
__dict__ = <dictproxy object>
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__ = <attribute '__weakref__' of 'Material' objects>
list of weak references to the object (if defined)

 
Functions
       
find_element_by_atomno(atomno)
Find an element by its atomic number.
 
Positional arguments :
atomno -- atomic number
 
Return None if not found.
find_element_by_isotope(isotope_mass, threshold=0.001)
Find an element by its isotope mass.
 
Positional arguments :
isotope_mass -- isotope mass in a.m.u.
 
Keyword arguments :
threshold    -- tolerance for searching (default 0.001)
 
Return None if not found.
find_element_by_standard_weight(standard_weight, threshold=0.001)
Find an element by its standard weight.
 
Positional arguments :
standard_weight -- standard weight in a.m.u.
 
Keyword arguments :
threshold       -- tolerance for searching (default 0.001)
 
Return None if not found.
find_element_by_symbol(symbol)
Find an element by its symbol.
 
Positional arguments :
symbol -- symbol
 
Return None if not found.
find_isotopes(atomno)
Find the isotopes of an element.
 
Return a tuple with the masses (in a.m.u) of the known isotopes.
Return None if not found.

 
Data
        __all__ = ['Material', 'Element', 'find_element_by_symbol', 'find_element_by_atomno', 'find_element_by_isotope', 'find_element_by_standard_weight', 'find_isotopes']
__author__ = 'Maxim Fedorovsky'
__elements__ = [<pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>, <pyviblib.util.pse.Element object>]
__isotopes__ = {1: (1.007825, 2.0141019999999998, 3.0160490000000002), 2: (4.0026029999999997, 3.0160290000000001), 3: (7.0160039999999997, 6.0151219999999999), 4: (9.0121819999999992,), 5: (11.009306, 6.0151219999999999), 6: (12.0, 13.003355000000001), 7: (14.003074, 15.000109), 8: (15.994915000000001, 17.99916), 9: (18.998403,), 10: (19.992439999999998, 21.991385999999999), ...}

 
Author
        Maxim Fedorovsky