Superimpose molecules using a quaternion fit.
 
This is a Python port of the QTRFIT algorithm written by David J. Heisterberg.
Copyright: Ohio Supercomputer Center, David J. Heisterberg, 1990.
See http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES/C/quaternion-mol-fit/quatfit.c.
 
There is, however, a subtle difference between this implementation and the
original one. It lies in a way how the center of a molecule is calculated. We
use the plain weighting coefficients rather than square roots from them. This
corresponds to physically meaningful results.
 
The module exports the only function :
    fit() --  perform a quaternion fit

Functions
		fit(pairs, coords_ref, coords_fit, weight) Perform a quaternion fit.   Positional arguments : pairs       --  atom pairs to be superimposed (null-based ndarray)                 shape : (npairs, 2) with npairs being the number of atom pairs                 atom numbers are one-based                 example : array([ [1, 1], [5, 5], [7, 7] ]) coords_ref  --  coordinates of the reference frame (one-based ndarray)                 shape : (Natoms_ref, 4) with Natoms_ref being the number                 of atoms in the reference frame coords_fit  --  coordinates of the fitted frame (one-based ndarray)                 shape : (Natoms_fit, 4) with Natoms_fit being the number                 of atoms in the fitted frame weight      --  weights for the atoms to be superimposed (one-based ndarray)   Return value is a dictionary with the following keys : rms         : root mean square (RMS) deviation  q           : quaternion (null-based ndarray of the length 4) U           : left rotation matrix (one-based two-dimensional ndarray) ref_center  : center of the reference molecule (one-based ndarray) fit_center  : center of the fitted molecule (one-based ndarray)

Data
		__all__ = ['fit'] __author__ = 'Maxim Fedorovsky'

Author
		Maxim Fedorovsky